داستان رزیدنت اویل زیرو داستانی در مورد قبل از رزیدنت اویل 1 رو روایت می کنه که در آن دو شخصیت اصلی ربکا که عضو تیم براوو گروه استارز بوده و بیلی کارمند نیروی دریایی حضور دارند که تا پایان یک دیگر را همرایی می کنند. ذر سال 1988 اسپسر که دیگر ویروس را کشف کرده بود به ویلیام برکین و آلبرت وسکر که از شاگرادان دانشمند جیمز مارکوس بودند دستور کشتن مارکوس را داد. در آن زمان به دلیل وجود زالوی ملکه در بدنش پس از کشته شدنش توسط وسکر و برکین زنده ماند و کم کم احیا شد. وی در سال 1998 برای تلافی کردن ویروس تی را که خود سهمی زیادی در کشف آن داشت را در کوهستان آرکلی پخش کرد و باعث اتفاقات وحشتناکی شد.
در همان زمان ها یعنی در جولای 1998 گروه استارز برای تجسس تیم براوو اش را به محل فرستاد ولی به خاطر نقص فنی هلیکوپتر آنها سقوط کرده و اعضای تیم مجبور به جدایی از هم شدند. ربکا چمبرز که یکی از اعضای گروه بود به تجسس ادامه داد تا با بیلی دیگر شخصیت اصلی بازی آشنا شد و در ادامه آ؛نها سعی کردند که قطاری که در آن نزدیکی بود را دوباره راه اندازی کنند ولی پس از موفق شدن به مشکل برخورده و به صخره ای بر می خورد که باعث مشود تا بیلی و ربکا داخل آزمایشگاه های مخفی آمبرلا شده و با چند فرد مواجه بشوند. آنها در نهایت دکتر جیمز مارکوس را کشته و بازی را به پایان می رسانند.
